1、维持消化道菌群正常化
   在微生态系统中，优势菌群对整个菌群起决定作用，一旦失去优势菌群，则该微生态平衡失调，无菌动物和经抗生素处理的动物对肠道病原菌的抵抗能力有所下降，使用微生物添加剂可以通过补充某一特定的微生物，维持有益细菌的优势地位，保持菌群的正常。
2、调节营养物质的消化吸收
   有益微生物可产生各种消化酶，例如酵母菌和芽孢杆菌能产生脂肪酶、淀粉酶和蛋白酶，直接消化饲料营养成分，有些微生物还能产生分解复杂碳水化合物或植酸酶，改善消化道食物的物理特性或清除日粮中的抗营养因子，直接提高饲料的转化率，促进动物的生长和生产。
3、产生非特异性免疫调节因子
  微生物添加剂可提高动物体内抗体水平，提高巨噬细胞的活性，增强机体免疫功能，乳酸杆菌以某种局部型免疫调节因子的形势起作用，刺激肠道某种局部型免疫反应。
4、微生物有益微生物可产生B族维生素和维生素K
有益细菌可产生B族维生素例如生物素等，从而加强动物的营养代谢，在传统的猪生产中，这些微生物产生的维生素是猪维生素的来源之一。
5、防止产生有害产物，改善饲养环境
  大肠杆菌活动增强常导致蛋白质转化为氨和胺，两者都有刺激性和毒性，饲料微生物添加剂可以通过控制有毒产物的反应或激发式解毒反应，从而使动物肠道粪便及静脉血液中的氨量降低，阻止肠道内细菌产生胺，从而改善了饲养环境。